De beste boekhoudpakketten voor het mkb van 2025
door Tim Fabels
20 mei 2025

Voor elke ondernemer is het bijhouden van een boekhouding van groot belang. Een boekhoudprogramma kan hierbij een grote hulp bieden. Deze bieden de mogelijkheid om digitaal zo georganiseerd en efficiënt mogelijk te werken. Maar, hoe vind je je weg in dit landschap? Wij helpen je met dit complete overzicht van relevante mkb-software op weg.
In dit blog:
- De voordelen van een boekhoudpakket voor het mkb
- Waar moet je op letten bij het kiezen van een boekhoudprogramma in het mkb?
- De beste boekhoudprogramma’s voor het mkb
- De 5 beste boekhoudpakketten voor het mkb
- Welk boekhoudprogramma past bij mij?
De voordelen van een boekhoudpakket voor het mkb
Er zitten verschillende voordelen aan het gebruiken van een boekhoudpakket binnen het mkb. We hebben de belangrijksten hieronder voor je op een rijtje gezet:
- Automatische btw-aangifte.
- Realtime inzicht in je administratie.
- Facturatie en boekhouding in één.
- Herinneringen aan openstaande facturen.
Waar moet je op letten bij het kiezen van een boekhoudprogramma in het mkb?
Tegenwoordig zijn er vele boekhoudprogramma’s dat je misschien door de bomen het bos niet meer ziet. Allemaal hebben ze weer andere functionaliteiten en de een is nog uitgebreider dan de ander. Het is daarom verstandig om op enkele zaken te letten bij het kiezen van het juiste boekhoudprogramma in het mkb.
De juiste webshopsoftware
De meest gebruikte webshopsoftware is CCV Shop, Lightspeed, Mijnwebwinkel en Shopify. WooCommerce (een WordPress plugin), Magento2, Shopware en PrestaShop zijn bekende open source platforms. We gaan er in ons advies vanuit dat je een van deze softwarepakketten gebruikt zodat je het überhaupt kunt koppelen aan een boekhoudpakket.
Wel of geen facturatiemodule?
Verstuur je naast je webshop ook losse facturen? Dan is het handig om een boekhoudpakket met een facturatiemodule te kiezen, zodat je ook losse facturen kunt maken (in de winkel) en deze mee worden genomen in de boekhouding.
Bankkoppeling
Zonder koppeling met je zakelijke rekening ben je alsnog veel tijd kwijt met het bijhouden van je administratie, dus kies een boekhoudpakket met een koppeling bij jouw bank.
De betaalprovider
Welke betaalprovider, ook wel payment service provider genoemd, gebruik je? Zijn er integraties met deze partij beschikbaar? De meeste webshopsoftware is gekoppeld aan betaalprovider Mollie. Ideaal als je je klanten verschillende betaalmogelijkheden wilt bieden, zoals iDEAL of creditcard.
De beste boekhoudprogramma’s voor het mkb
Het overzicht van boekhoudpakketten is volledig onafhankelijk samengesteld en bedoeld om de markt in kaart te brengen. Waar hebben we op gelet?
Functionaliteiten
Allereerst de functionaliteiten. Algemene functionaliteiten zoals de mogelijkheid om samen te werken met je accountant of financieel adviseur, het scannen van bonnetjes en het opslaan van documenten. Een belangrijk aspect van je boekhoudpakket zijn de functionaliteiten met betrekking tot factureren: de mogelijkheid om abonnementen in te stellen of betaalherinneringen automatisch te laten versturen bijvoorbeeld. We keken ook naar de compatibiliteit van het pakket en de bank.
Techniek
De tweede beoordelingscategorie is de techniek. Dan kun je denken aan de aanwezigheid van een openbare API, de manier waarop het boekhoudpakket gehost wordt (lokaal of online) en of het pakket GDPR-compliant is.
Licentie en prijs
De prijs is ook niet onbelangrijk - een boekhoudpakket dat je meer geld kost dan oplevert is geen goede keus. We keken naar de licentieperiode en prijs.
Koppelingen
De laatste, en ontzettend belangrijke, categorie is koppelingen. Kun je het boekhoudpakket koppelen aan je webshop, CRM, kassasysteem of facturatiesoftware? Dan gaat dat je nog meer tijd en geld besparen.
De 5 beste boekhoudpakketten voor het mkb
1. Exact Online
Heb je al enkele ervaring met boekhouden? Dan is het boekhoudprogramma Exact Online iets voor jou. Dit boekhoudprogramma voor het mkb bevat alle functies die je als ondernemer kunt wensen. Wel wordt er van jou verwacht dat je zelf aan de gang gaat met het inrichten van het programma en zelf leert hoe alles werkt. Gelukkig bevat dit boekhoudprogramma een gebruiksvriendelijke interface.
Functionaliteiten
- Algemeen ⭐⭐⭐⭐⭐
- Factureren ⭐⭐⭐⭐
- Financieel ⭐⭐⭐⭐⭐
- Bank ⭐⭐⭐⭐⭐
Techniek
Exact Online is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.
- Openbare API ✅
Licentie en prijs
Exact Online biedt licenties per maand, vanaf € 42,-. Het is maandelijks opzegbaar.
Koppelingen
Exact Online heeft een eigen marketplace voor koppelingen.
- Webhops ⭐⭐⭐
- CRM ⭐
- Kassasystemen
- Facturatie ⭐⭐⭐⭐⭐
Bekijk de Exact Online koppelingen van Combidesk.
2. Moneybird
Dit boekhoudprogramma is speciaal voor kleine ondernemers. Moneybird is een compleet boekhoudpakket dat de nadruk legt op het verwerken van facturen. Wanneer je beschikt over een kleine administratie, is dit boekhoudpakket voor het mkb erg geschikt.
- Functionaliteiten
- Algemeen ⭐⭐⭐⭐
- Factureren ⭐⭐⭐⭐
- Financieel ⭐⭐⭐⭐
- Bank ⭐⭐⭐
Techniek
Moneybird is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.
- Openbare API ✅
Licentie en prijs
Moneybird biedt licenties per maand, vanaf € 14. Het is maandelijks opzegbaar.
Koppelingen
- Webhops ⭐⭐⭐⭐⭐
- CRM ⭐
- Kassaystemen ⭐
- Facturatie nvt
Bekijk de Moneybird koppelingen van Combidesk.
3. SnelStart
Wanneer jij een boekhoudprogramma voor het mkb zoekt dat mee kan schalen met jouw bedrijf, dan ben je bij SnelStart aan het juiste adres. Dit boekhoudprogramma biedt vijf verschillende pakketten aan. Van een eenvoudig boekhoudprogramma voor beginners, tot een professioneel pakket voor ervaren boekhouder en accountants. Dit maakt het wel zo dat je vooraf goed moet weten welke functies je nodig hebt zodat je het juiste pakket kunt kiezen.
Functionaliteiten
- Algemeen ⭐⭐⭐⭐
- Factureren ⭐⭐⭐
- Financieel ⭐⭐⭐⭐⭐
- Bank ⭐⭐⭐⭐
Techniek
SnelStart is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.
- Openbare API ✅
Licentie en prijs
SnelStart biedt licenties per maand, vanaf € 12,50. Het is maandelijks opzegbaar.
Koppelingen
SnelStart heeft een eigen marketplace voor koppelingen.
- Webhops ⭐⭐⭐
- CRM ⭐
- Kassaystemen ⭐
- Facturatie n.v.t.
Bekijk de SnelStart koppelingen van Combidesk.
4. e-Boekhouden
In e-Boekhouden.nl zijn alle functies te vinden die je nodig hebt. Elk aspect rondom de boekhouding wordt voor je ontzorgt. Hierdoor heb je veel controle zonder dat je er veel tijd of moeite in hoeft te steken. Het is dus niet gek dat dit simpele boekhoudprogramma erg populair is. Daarnaast is e-boekhouden.nl erkend door de Belastingdienst, zeer gebruiksvriendelijk en kun je het programma de eerste 15 maanden gratis uitproberen.
Functionaliteiten
- Algemeen ⭐⭐⭐
- Factureren ⭐⭐⭐⭐
- Financieel ⭐⭐⭐⭐
- Bank ⭐⭐⭐
Techniek
E-Boekhouden is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.
- Openbare API ✅
Licentie en prijs
E-Boekhouden biedt licenties per maand, vanaf € 9,95. Het is maandelijks opzegbaar.
Koppelingen
- Webhops ⭐
- CRM ⭐
- Kassaystemen ⭐
- Facturatie n.v.t.
Bekijk de e-Boekhouden.nl koppelingen van Combidesk.
5. Twinfield
Het complete boekhoudprogramma Twinfield is een snel programma om mee te werken en biedt online boekhoud trainingen aan. Ten opzichte van andere aanbieders biedt Twinfield extra functies. Zo is het mogelijk om binnen dit boekhoudprogramma een jaarafsluiting te genereren, kunnen analyses gemaakt worden om cijfers te presenteren en is er een grote keuze aan softwarekoppelingen.
Functionaliteiten
- Algemeen ⭐⭐⭐⭐
- Factureren ⭐⭐⭐⭐
- Financieel ⭐⭐⭐⭐⭐
- Bank ⭐⭐⭐
Techniek
Twinfield is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.
- Openbare API ✅
Licentie en prijs
Twinfield biedt licenties per maand, vanaf € 45,-. Het is niet maandelijks opzegbaar.
Koppelingen
- Webhops
- CRM ⭐
- Kassaystemen
- Facturatie ⭐
Bekijk de Twinfield koppelingen van Combidesk.
Welk boekhoudprogramma past bij mij?
De keuze voor het beste boekhoudprogramma voor het mkb zal altijd afhangen van jouw persoonlijke wensen en voorkeuren. Wel zijn er enkele vragen die je jezelf kan stellen om de keuze wat gemakkelijker te maken. We hebben ze hieronder voor je opgesomd:
- Is er een bankkoppeling mogelijk?
- Kan dit makkelijke boekhoudprogramma de gegevens op facturen automatisch herkennen?
- Is het mogelijk om automatische betalingsherinneringen te ontvangen?
- Is er een e-mail- en herkenfunctie?
- Is er een scan- en herkenfunctie?
- Kan er een elektronische btw-aangifte worden verstuurd?
- Werkt het eenvoudige boekhoudprogramma met een automatische incassoprocedure?
- Kan ik offertes en facturen opmaken? Zo ja, wat is hiermee mogelijk qua opmaak?
- Hoeveel gebruikers kunnen toegang krijgen tot mijn administratie?
- Bevat het simpele boekhoudprogramma exportmogelijkheden naar Excel-, PDF- en universele auditbestanden?
- Zijn er koppelingen mogelijk met software van derden?
- Zijn er aanvullende modules, zoals project- en kilometerregistraties?
- Is het mogelijk om rapporten samen te stellen?
Het is natuurlijk ook goed om de ervaring van anderen met de boekhoudprogramma’s die je op het oog hebt op te zoeken. Daarnaast is het verstandig om te letten op hoe de klantenservice is. Is het bedrijf bijvoorbeeld makkelijk te benaderen? En hoe snel word jij geholpen?
Het koppelen van jouw boekhoudpakket voor het mkb
Je kan jouw boekhouding nog makkelijker maken door deze te koppelen met jouw webshop en andere bedrijfssoftware. Zo wordt jouw boekhouding geautomatiseerd en hoef jij geen gegevens meer over te nemen van het ene in het andere systeem. Je bespaart hiermee niet alleen tijd en geld, maar zorgt er ook voor dat jouw boekhouding altijd klopt en up-to-date is.
Combidesk biedt verschillende boekhoudkoppelingen aan voor verschillende boekhoudprogramma’s voor het mkb. Voor een vast bedrag per maand beschik je over een kant-en-klare koppeling tussen jouw boekhoudprogramma en CRM, webshop of kassasysteem.
Gratis boekhouden startersgids
In onze behulpzame boekhouden startersgids vind je alle informatie die je nodig hebt om met de boekhouding te beginnen. Inclusief een handige checklist voor gratis dopamine kicks!

DoorGeschreven door Tim Fabels
Oprichter en mede-eigenaar Combidesk
Tim werkt als integratie-expert bij Combidesk en helpt ondernemers met het koppelen van diverse bedrijfssoftware, zoals boekhoudpakketten, crm software en kassasystemen.











