De beste boekhoudpakketten voor het mkb van 2025

Tim Fabels

door Tim Fabels

20 mei 2025

post73.nl.de-beste-boekhoudpakketten-voor-het-mkb

Voor elke ondernemer is het bijhouden van een boekhouding van groot belang. Een boekhoudprogramma kan hierbij een grote hulp bieden. Deze bieden de mogelijkheid om digitaal zo georganiseerd en efficiënt mogelijk te werken. Maar, hoe vind je je weg in dit landschap? Wij helpen je met dit complete overzicht van relevante mkb-software op weg.

In dit blog:


De voordelen van een boekhoudpakket voor het mkb

Er zitten verschillende voordelen aan het gebruiken van een boekhoudpakket binnen het mkb. We hebben de belangrijksten hieronder voor je op een rijtje gezet:

  • Automatische btw-aangifte.
  • Realtime inzicht in je administratie.
  • Facturatie en boekhouding in één.
  • Herinneringen aan openstaande facturen.

Waar moet je op letten bij het kiezen van een boekhoudprogramma in het mkb?

Tegenwoordig zijn er vele boekhoudprogramma’s dat je misschien door de bomen het bos niet meer ziet. Allemaal hebben ze weer andere functionaliteiten en de een is nog uitgebreider dan de ander. Het is daarom verstandig om op enkele zaken te letten bij het kiezen van het juiste boekhoudprogramma in het mkb.


De juiste webshopsoftware

De meest gebruikte webshopsoftware is CCV Shop, Lightspeed, Mijnwebwinkel en Shopify. WooCommerce (een WordPress plugin), Magento2, Shopware en PrestaShop zijn bekende open source platforms. We gaan er in ons advies vanuit dat je een van deze softwarepakketten gebruikt zodat je het überhaupt kunt koppelen aan een boekhoudpakket.


Wel of geen facturatiemodule?

Verstuur je naast je webshop ook losse facturen? Dan is het handig om een boekhoudpakket met een facturatiemodule te kiezen, zodat je ook losse facturen kunt maken (in de winkel) en deze mee worden genomen in de boekhouding.


Bankkoppeling

Zonder koppeling met je zakelijke rekening ben je alsnog veel tijd kwijt met het bijhouden van je administratie, dus kies een boekhoudpakket met een koppeling bij jouw bank.


De betaalprovider

Welke betaalprovider, ook wel payment service provider genoemd, gebruik je? Zijn er integraties met deze partij beschikbaar? De meeste webshopsoftware is gekoppeld aan betaalprovider Mollie. Ideaal als je je klanten verschillende betaalmogelijkheden wilt bieden, zoals iDEAL of creditcard.


De beste boekhoudprogramma’s voor het mkb

Het overzicht van boekhoudpakketten is volledig onafhankelijk samengesteld en bedoeld om de markt in kaart te brengen. Waar hebben we op gelet?


Functionaliteiten

Allereerst de functionaliteiten. Algemene functionaliteiten zoals de mogelijkheid om samen te werken met je accountant of financieel adviseur, het scannen van bonnetjes en het opslaan van documenten. Een belangrijk aspect van je boekhoudpakket zijn de functionaliteiten met betrekking tot factureren: de mogelijkheid om abonnementen in te stellen of betaalherinneringen automatisch te laten versturen bijvoorbeeld. We keken ook naar de compatibiliteit van het pakket en de bank.


Techniek

De tweede beoordelingscategorie is de techniek. Dan kun je denken aan de aanwezigheid van een openbare API, de manier waarop het boekhoudpakket gehost wordt (lokaal of online) en of het pakket GDPR-compliant is.


Licentie en prijs

De prijs is ook niet onbelangrijk - een boekhoudpakket dat je meer geld kost dan oplevert is geen goede keus. We keken naar de licentieperiode en prijs.


Koppelingen

De laatste, en ontzettend belangrijke, categorie is koppelingen. Kun je het boekhoudpakket koppelen aan je webshop, CRM, kassasysteem of facturatiesoftware? Dan gaat dat je nog meer tijd en geld besparen.


De 5 beste boekhoudpakketten voor het mkb

1. Exact Online

Heb je al enkele ervaring met boekhouden? Dan is het boekhoudprogramma Exact Online iets voor jou. Dit boekhoudprogramma voor het mkb bevat alle functies die je als ondernemer kunt wensen. Wel wordt er van jou verwacht dat je zelf aan de gang gaat met het inrichten van het programma en zelf leert hoe alles werkt. Gelukkig bevat dit boekhoudprogramma een gebruiksvriendelijke interface.


Functionaliteiten

  • Algemeen ⭐⭐⭐⭐⭐
  • Factureren ⭐⭐⭐⭐
  • Financieel ⭐⭐⭐⭐⭐
  • Bank ⭐⭐⭐⭐⭐

Techniek

Exact Online is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.

  • Openbare API ✅

Licentie en prijs

Exact Online biedt licenties per maand, vanaf € 42,-. Het is maandelijks opzegbaar.


Koppelingen

Exact Online heeft een eigen marketplace voor koppelingen.

  • Webhops ⭐⭐⭐
  • CRM ⭐
  • Kassasystemen
  • Facturatie ⭐⭐⭐⭐⭐

Bekijk de Exact Online koppelingen van Combidesk.


2. Moneybird

Dit boekhoudprogramma is speciaal voor kleine ondernemers. Moneybird is een compleet boekhoudpakket dat de nadruk legt op het verwerken van facturen. Wanneer je beschikt over een kleine administratie, is dit boekhoudpakket voor het mkb erg geschikt.


  • Functionaliteiten
  • Algemeen ⭐⭐⭐⭐
  • Factureren ⭐⭐⭐⭐
  • Financieel ⭐⭐⭐⭐
  • Bank ⭐⭐⭐

Techniek

Moneybird is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.

  • Openbare API ✅

Licentie en prijs

Moneybird biedt licenties per maand, vanaf € 14. Het is maandelijks opzegbaar.


Koppelingen

  • Webhops ⭐⭐⭐⭐⭐
  • CRM ⭐
  • Kassaystemen ⭐
  • Facturatie nvt

Bekijk de Moneybird koppelingen van Combidesk.


3. SnelStart

Wanneer jij een boekhoudprogramma voor het mkb zoekt dat mee kan schalen met jouw bedrijf, dan ben je bij SnelStart aan het juiste adres. Dit boekhoudprogramma biedt vijf verschillende pakketten aan. Van een eenvoudig boekhoudprogramma voor beginners, tot een professioneel pakket voor ervaren boekhouder en accountants. Dit maakt het wel zo dat je vooraf goed moet weten welke functies je nodig hebt zodat je het juiste pakket kunt kiezen.


Functionaliteiten

  • Algemeen ⭐⭐⭐⭐
  • Factureren ⭐⭐⭐
  • Financieel ⭐⭐⭐⭐⭐
  • Bank ⭐⭐⭐⭐

Techniek

SnelStart is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.

  • Openbare API ✅

Licentie en prijs

SnelStart biedt licenties per maand, vanaf € 12,50. Het is maandelijks opzegbaar.


Koppelingen

SnelStart heeft een eigen marketplace voor koppelingen.

  • Webhops ⭐⭐⭐
  • CRM ⭐
  • Kassaystemen ⭐
  • Facturatie n.v.t.

Bekijk de SnelStart koppelingen van Combidesk.


4. e-Boekhouden

In e-Boekhouden.nl zijn alle functies te vinden die je nodig hebt. Elk aspect rondom de boekhouding wordt voor je ontzorgt. Hierdoor heb je veel controle zonder dat je er veel tijd of moeite in hoeft te steken. Het is dus niet gek dat dit simpele boekhoudprogramma erg populair is. Daarnaast is e-boekhouden.nl erkend door de Belastingdienst, zeer gebruiksvriendelijk en kun je het programma de eerste 15 maanden gratis uitproberen.


Functionaliteiten

  • Algemeen ⭐⭐⭐
  • Factureren ⭐⭐⭐⭐
  • Financieel ⭐⭐⭐⭐
  • Bank ⭐⭐⭐

Techniek

E-Boekhouden is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.

  • Openbare API ✅

Licentie en prijs

E-Boekhouden biedt licenties per maand, vanaf € 9,95. Het is maandelijks opzegbaar.

Koppelingen

  • Webhops ⭐
  • CRM ⭐
  • Kassaystemen ⭐
  • Facturatie n.v.t.

Bekijk de e-Boekhouden.nl koppelingen van Combidesk.


5. Twinfield

Het complete boekhoudprogramma Twinfield is een snel programma om mee te werken en biedt online boekhoud trainingen aan. Ten opzichte van andere aanbieders biedt Twinfield extra functies. Zo is het mogelijk om binnen dit boekhoudprogramma een jaarafsluiting te genereren, kunnen analyses gemaakt worden om cijfers te presenteren en is er een grote keuze aan softwarekoppelingen.


Functionaliteiten

  • Algemeen ⭐⭐⭐⭐
  • Factureren ⭐⭐⭐⭐
  • Financieel ⭐⭐⭐⭐⭐
  • Bank ⭐⭐⭐

Techniek

Twinfield is een SaaS-pakket. Dat betekent dat het online, in de cloud, wordt gehost.

  • Openbare API ✅

Licentie en prijs

Twinfield biedt licenties per maand, vanaf € 45,-. Het is niet maandelijks opzegbaar.


Koppelingen

  • Webhops
  • CRM ⭐
  • Kassaystemen
  • Facturatie ⭐

Bekijk de Twinfield koppelingen van Combidesk.


Welk boekhoudprogramma past bij mij?

De keuze voor het beste boekhoudprogramma voor het mkb zal altijd afhangen van jouw persoonlijke wensen en voorkeuren. Wel zijn er enkele vragen die je jezelf kan stellen om de keuze wat gemakkelijker te maken. We hebben ze hieronder voor je opgesomd:

  • Is er een bankkoppeling mogelijk?
  • Kan dit makkelijke boekhoudprogramma de gegevens op facturen automatisch herkennen?
  • Is het mogelijk om automatische betalingsherinneringen te ontvangen?
  • Is er een e-mail- en herkenfunctie?
  • Is er een scan- en herkenfunctie?
  • Kan er een elektronische btw-aangifte worden verstuurd?
  • Werkt het eenvoudige boekhoudprogramma met een automatische incassoprocedure?
  • Kan ik offertes en facturen opmaken? Zo ja, wat is hiermee mogelijk qua opmaak?
  • Hoeveel gebruikers kunnen toegang krijgen tot mijn administratie?
  • Bevat het simpele boekhoudprogramma exportmogelijkheden naar Excel-, PDF- en universele auditbestanden?
  • Zijn er koppelingen mogelijk met software van derden?
  • Zijn er aanvullende modules, zoals project- en kilometerregistraties?
  • Is het mogelijk om rapporten samen te stellen?

Het is natuurlijk ook goed om de ervaring van anderen met de boekhoudprogramma’s die je op het oog hebt op te zoeken. Daarnaast is het verstandig om te letten op hoe de klantenservice is. Is het bedrijf bijvoorbeeld makkelijk te benaderen? En hoe snel word jij geholpen?


Het koppelen van jouw boekhoudpakket voor het mkb

Je kan jouw boekhouding nog makkelijker maken door deze te koppelen met jouw webshop en andere bedrijfssoftware. Zo wordt jouw boekhouding geautomatiseerd en hoef jij geen gegevens meer over te nemen van het ene in het andere systeem. Je bespaart hiermee niet alleen tijd en geld, maar zorgt er ook voor dat jouw boekhouding altijd klopt en up-to-date is.

Combidesk biedt verschillende boekhoudkoppelingen aan voor verschillende boekhoudprogramma’s voor het mkb. Voor een vast bedrag per maand beschik je over een kant-en-klare koppeling tussen jouw boekhoudprogramma en CRM, webshop of kassasysteem.


Probeer Combidesk nu 30 dagen gratis!

Checklist

Gratis boekhouden startersgids

In onze behulpzame boekhouden startersgids vind je alle informatie die je nodig hebt om met de boekhouding te beginnen. Inclusief een handige checklist voor gratis dopamine kicks!

Tim Fabels

Door Tim Fabels

Oprichter en mede-eigenaar Combidesk

Tim werkt als integratie-expert bij Combidesk en helpt ondernemers met het koppelen van diverse bedrijfssoftware, zoals boekhoudpakketten, crm software en kassasystemen.

Gerelateerde artikelen

Debiteurenbeheer: wat is het en waarom is het belangrijk?

Debiteurenbeheer: wat is het en waarom is het belangrijk?

Als ondernemer wil je natuurlijk dat jouw webshop soepel draait. Hier hoort een goed financieel beheer bij. Een belangrijk onderdeel hiervan is het debiteurenbeheer. De praktijk wijst uit dat je met een goed debiteurenbeheer wanbetalingen zoveel mogelijk kan voorkomen. Maar wat houdt dit precies in? En hoe kun je ervoor zorgen dat jouw klanten op tijd hun facturen betalen? Wij vertellen je het in dit blog.…

+ Lees verder
Btw voor webshops: de belangrijkste regels

Btw voor webshops: de belangrijkste regels

Wanneer jij een webshop begint, zul je btw-aangifte moeten doen voor al jouw verkopen. Het is een essentieel, maar vaak ingewikkeld onderdeel vanwege de verschillende regels en zaken waar je op moet letten. Zeker binnen de Europese Unie gelden strikte regels die je na moet leven. In dit blog lichten we de belangrijkste btw-regels voor webshops toe.…

+ Lees verder
Wat zijn kruisposten in jouw boekhouding?

Wat zijn kruisposten in jouw boekhouding?

Wanneer je een eigen webshop runt, kom je geregeld boekhoudkundige termen tegen. Zo heb je ongetwijfeld weleens gehoord van de term ‘kruisposten’. Deze zijn erg belangrijk voor jouw boekhouding. Zo kun je geen interne overboeking maken zonder kruisposten. In dit blog leggen we je precies uit wat kruisposten op de balans zijn en wat je ermee kunt.…

+ Lees verder
Wat is een verkooporder?

Wat is een verkooporder?

In de praktijk worden de termen ‘verkooporder’ en ‘factuur’ vaak door elkaar gebruikt. Hoewel ze erg op elkaar lijken, zijn het verschillende documenten met elk hun eigen rol in het verkoopproces. In de praktijk wordt er vaak voorafgaand aan de factuur de verkooporder verstuurd. In dit blog leggen we je uit wat een verkooporder is, het belang ervan en hoe je deze het beste kunt opvolgen.…

+ Lees verder
Hoe kun je automatisch afletteren met Mollie en Teamleader?

Hoe kun je automatisch afletteren met Mollie en Teamleader?

De samenwerking tussen Teamleader en Mollie zorgt ervoor dat de facturen die je aanmaakt in Teamleader direct via Mollie te betalen zijn. Dit heeft als voordeel dat klanten jou sneller en gemakkelijk kunnen betalen via hun gewenste betaalmethode. Echter bevatten zowel Teamleader als Mollie geen boekhoudfuncties. Dit betekent dat je in jouw boekhoudpakket handmatig facturen zal moeten afletteren. Gelukkig kan dat makkelijker dankzij de koppelingen van Combidesk. In dit blog lees je hoe dat werkt.…

+ Lees verder
De voordelen van een koppeling tussen jouw boekhouding en CRM

De voordelen van een koppeling tussen jouw boekhouding en CRM

Geen tijdrovende taken meer, geen fouten door dubbele invoer, en altijd klantinformatie die up-to-date is binnen handbereik. Dat is mogelijk met een koppeling tussen jouw boekhouding en CRM. In dit blog vertellen we je wat de voordelen van deze koppeling zijn en waarom het van belang is de groei van jouw webshop.…

+ Lees verder
Automatisch afletteren voor webshops

Automatisch afletteren voor webshops

Het is misschien niet het leukste klusje, maar wel één van de belangrijkste: de boekhouding van jouw webshop. Natuurlijk wil je dat deze kloppend is. Het geeft je namelijk een goed inzicht over hoe jouw bedrijf er financieel voor staat. Voor een kloppende boekhouding is afletteren essentieel. Je zorgt hiermee voor een duidelijk financieel overzicht van de nog openstaande verkoop- of inkoopfacturen.…

+ Lees verder
Wat is dubbel boekhouden?

Wat is dubbel boekhouden?

Wanneer je een eigen webshop begint, is één van de belangrijkste keuzes de keuze voor welke betaalprovider je gaat gebruiken. Je wilt immers dat jouw klanten daadwerkelijk kunnen betalen voor hun bestelde producten. Omdat er veel online betaalproviders zijn, is het niet vreemd dat je misschien door de bomen het bos niet meer ziet. Daarom zetten wij in dit blog de bekendste betaalproviders voor webshops voor je op een rijtje, inclusief hun voor- en nadelen.…

+ Lees verder
Facturen inboeken: hoe kan ik dat automatisch doen?

Facturen inboeken: hoe kan ik dat automatisch doen?

Het is waarschijnlijk één van de meest tijdrovende klusjes als ondernemer: het verwerken van inkomende en uitgaande facturen in jouw boekhouding. Dit gebeurt helaas nog vaak (deels) met de hand. Met als risico dat fouten, zoals een typefout, snel gemaakt worden. Gelukkig kan je veel tijd besparen door facturen automatisch in te boeken. Hoe je dat doet vertellen we je in dit blog.…

+ Lees verder
Wat zijn debiteuren en crediteuren?

Wat zijn debiteuren en crediteuren?

Vanaf het eerste moment dat je begint als ondernemer krijg je ermee te maken: debiteuren en crediteuren. Beiden zijn onmisbaar voor de financiële gezondheid van jouw bedrijf. Maar wat zijn debiteuren en crediteuren nu precies? In dit blog vertellen we je het verschil en het belang van een goede debiteuren- en crediteurenadministratie.…

+ Lees verder
De fiscale bewaarplicht voor webshopeigenaren

De fiscale bewaarplicht voor webshopeigenaren

Als ondernemer heb je veel verplichtingen en verantwoordelijkheden. Het bijhouden van jouw boekhouding is hier één van. Dit is zelfs verplicht volgens de wet. Je bent echter niet alleen verplicht tot het bijhouden van jouw boekhouding, er geldt ook een fiscale bewaarplicht waar je je aan moet houden. In dit blog vertellen wij je hoe lang je de boekhouding moet bewaren voor de Belastingdienst en hoe je dit het beste kan doen.…

+ Lees verder
Kan ik zelf de boekhouding van mijn bedrijf doen?

Kan ik zelf de boekhouding van mijn bedrijf doen?

Waarschijnlijk is het het meest vervelende klusje waar jij als ondernemer mee te maken krijgt: boekhouden. Echter is het wel één van de meest belangrijke klussen. Het is namelijk wettelijk verplicht om bij te houden zodat je belastingaangifte kan doen. Gelukkig is het niet moeilijk om zelf de boekhouding te doen van jouw bedrijf. In dit blog vertellen we je waarom dit een slimme zet is, wat het belang is van een goed boekhoudprogramma en geven we je enkele tips voor het doen van jouw eigen boekhouding.…

+ Lees verder

Probeer Combidesk gratis!

Installeren is een fluitje van een cent. Heb je toch nog vragen of kom je er toch niet helemaal uit? Neem dan gerust contact met ons op of maak gebruik van onze installatie service. We helpen je graag!

Combidesk